股東投資協議即通常所稱的公司設立協議，是公司股東為成立公司而簽訂的協議書，這是在公司設立過程中，由出資人為明確各方之間的權利義務而簽署的合同。公司章程是公司的組織以及運行規范。我國《公司法》第十一條規定：“設立公司必須依法制定公司章程。公司章程對公司、股東、董事、監事、高級管理人員具有約束力。”因此，公司章程是公司的必備文件，并常常被認為是公司的根本法或“公司憲法”。

公司設立協議與公司章程都是為了設立公司，在內容上兩者都有關于公司名稱、注冊資本、經營范圍、股東出資與比例、出資形式等等的約定。但是，兩者在法律性質和功能上，還是有著巨大的差別：

首先，公司章程是我國公司法強制要求的公司必備文件。沒有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投資企業要求有合同以及股份有限公司要求有發起人協議外，我國《公司法》并沒有要求公司必須具有設立協議。所以，對中小企業最常見的形態即普通的有限責任公司而言，公司設立協議是任意性文件，可有可無。

但在現實生活中，投資者之間往往會先就成立公司事項簽訂一份公司設立協議。這是由于公司設立過程的不確定性所產生的。這種現實狀況的存在，導致了投資者往往將公司設立協議視為成立公司最重要的事項，認為簽好設立協議就萬事大吉，剩下的只是手續問題了，但是這是一個極大的誤區。

其次，兩者的約束范圍不同。根據《公司法》的規定，公司章程對公司、股東、董事、監事、高級管理人員均具有約束力。即公司章程的作用范圍包括股東、公司以及公司內部組織機構與人員。而公司設立協議僅僅是股東之間的任意性合同，需遵守合同相對性的原則，其作用范圍僅限于簽約的主體之間。

第三，兩者生效時間不同。公司設立協議主要是在公司設立期間發生法律效力，所調整的是公司設立過程中的法律關系與法律行為。所以，一般認為公司設立協議的效力期間是從設立行為開始到公司成立為止。而公司章程則自公司設立開始直至公司成立后的整個存續過程，直至公司解散并清算終止時。

第四，兩者的效力不同。公司設立協議是內部協議，除參與簽約的股東之外，甚至公司董事等高級管理人員均可能不知其內容。而公司章程是公開文件，我國《公司法》第97條、98條還特別規定，公司公開發行股票或公司債券必須公開披露公司章程。公司章程的公開性，是為了有助于公司投資者、債權人以及交易對象可以了解公司的組織與運行，并據此做出判斷。所以，對社會公眾而言，章程的效力高于公司設立協議。

在司法實踐中，當事人在公司設立之后，再以公司設立協議為依據而提出民事訴訟，要求追究股東出資義務、請求確認設立協議無效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。